Im abgesicherten Modus oder mit Knoppix. Der Trojaner oder seine Schutzfunktion darf einfach noch nicht gestartet worden sein. Du kannst auch die Festplatte in einen anderen Computer einbauen.
Um da zu programmieren, empfehle ich, VMWare oder ähnliches zu verwenden, da sonst am Anfang vermutlich dauernd ein bisschen der Computer abstürzt.