Hallo,
also der Reihe nach:
1) Bin mir nicht ganz sicher was du / Truecrypt mit "ohne Löschen" meint. Truecrypt bietet an, die Platte vor dem Verschlüsseln mit Zufallsdaten zu überschreiben. Dies sollte man nur machen, wenn vorher sensitive Daten auf der Platte lagen.
Da die Platte neu ist und, so wie ich dich verstanden habe, nichts darauf lag: Keine Sorge, nur Verschlüsseln ist okay.
2) Nein, du brauchst keine Batchdatei. In den Truecrypt Einstellung (weiß nicht wo, nutze hier Linux) gibts aufjeden Fall ne Einstellung, nach dem Booten von Windows bestimmte Partitionen einzubinden. Einfach mal bei Einstellung bischen rumklicken oder Google befragen
Batch Datei ist aber auf keinen Fall notwendig.
3) Ist evt. die F: Parition zur E: Parition geworden, das heißt, alle Partitionen sind einen Buchstaben nach unten gerutscht?
Ansonsten: Keine Sorge, verschlüssel alle logischen Laufwerke (keine Volums erstellen, sondern wirklich die Parition verschlüsseln). Nach dem Reboot sollte eigentlich kein Laufwerk angezeigt werden.
Danach solltest du dann deine alte E Parition auch wieder als E einbinden können.