Hallo,
ich habe es ähnlich wie du. Windows Vista und Ubuntu 9.10 beides verschlüsselt. Hab für Ubuntu ein verschlüsseltes LVM genutzt und für Windows Vista Truecrypt (hab dort Singleboot gewählt).
Bin nach diesem Tutorial vorgegangen:
http://wiki.ubuntuusers.de/Baustelle..._verschuesseln
Hat super geklappt.
Viel Erfolg