Warum macht ihr denn nicht zwei Primärpartitionen, bzw. eine Primär eine Boot, eine in NTFS und eine in FAT. Dann müßte es auch mit den Benutzerrechten, der Hardware und anderen Krimskrams funktionieren.
Aber es wäre velleicht besser mal auszuprobieren, welches man zuerst installiert, denn ich weiß nicht wie es bei Win98 mit den Bootmenü aussieht.