Warum sollten die Programme die Festplatte mechanisch bzw. physisch beschädigen?! Das ist unmöglich. Das einzige, was passieren kann, ist, dass du dir Daten runterlädst, die Viren/Trojaner enthalten - dann ist deine Festplatte im übertragenen Sinne, wenn man so will, auch "beschädigt". Allerdings so, dass du eine neue Platte kaufen musst, das geht nicht, definitiv!
Abgesehen davon würde ich davon abraten, Daten mittels uTorrent oder was auch immer zu laden, sofern diese gegen Urheberrechte verstoßen (und das ist fast immer der Fall), da das sehr schnell teuer werden kann.
Edit: Und eMule, also das nutzt doch heute kein Mensch mehr...haben die überhaupt noch Server, die laufen?! Also das ist nur eine Virenschleuder!