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Den Timeout kann man nur in der php.ini setzen, dort ist es die Direktive mysql.connect_timeout.
Wenn du darauf keinen Zugriff hast, dann musst du vor mysql_connect() prüfen, ob der Server antwortet. Dazu kannst du z.B. mit fsockopen() eine Anfrage auf den Server und Port starten, hier kannst du selbst einen Timeout bestimmen.