Ja, das Problem mit Flash kenne ich auch. Das tritt zumeist dann auf, wenn man Seiten mit Flash und Seiten mit AJAX-Inhalten gleichzeitig offen hat oder diese Kombination in einer einzigen Seite auftaucht. Öffnet man dann eine weitere Seite, die Javascript verwendet, hängt sich FF sogar meist auf. Allerdings konnte ich dieses Verhalten bisher nur unter Ubuntu, Knoppix und Debian feststellen, während es bei SuSE, RedHat und LFS nicht auftritt. Ich denke daher, dass es eher an einer Library liegt, die im FF verwendet wird und die sich bei Debian/Ubuntu von anderen Distros unterscheidet. Hatte bisher noch keine Zeit (und Lust) das näher zu analysieren.
Die Flash-Unterstützung im Opera ist unter Linux allgemein nicht sehr gut. Leere Flash-Applikationen treten da öfter mal auf. Aber auch das sorgt normalerweise nicht für eine so hohe Last. Wobei ich bei der 9.27 (Build 709) Opera-Version auch feststellen musste, dass er bei bestimmten Seiten die CPU-Last auf 100% hochtrieb (z.B. bei starmarines.de, wenn man eingeloggt ist). Ob das allerdings nur an meinem System liegt oder auch bei anderen Distros auftritt und unter welchen Bedingen es dazu kommt, kann ich (noch) nicht sagen. Ein Downgrade verschaffte hier Abhilfe. Fehlermöglichkeiten gibt es ja viele, wobei ich in diesem Fall auf Probleme mit Addons, dem verwendeten Skin oder meinem Proxy tippe.
Dass aber halt auch X hier die Last so hochtreibt, dürfte mit hoher Wahrscheinlichkeit an einer Fehlkonfiguration liegen. Vielleicht einfach mal die xorg.conf posten oder selbst nachschauen.