Unter Windows kannst du die Windows-CD einlegen und von ihr starten. Gleich am Anfang kommt eine Abfrage, ob du Windows installieren, die Wiederherstellungskonsole starten oder einfach so booten willst (jedenfalls bei Windows XP).
Dort gehst du dann in die Wiederherstellungskonsole. Ich weiss grad nicht wie der Befehl heisst um den MBR neu zu schreiben, ich glaub FIXMBR oder so wars. Google einfach ein bisschen danach.
Wenn er sich wirklich nur im MBR aufhaelt solltest du ihn damit los sein.