Hört sich für mich bissi nach Trojaner an, der sich inner Datei verstecken soll.
Das kann er auch viel einfacher haben

.
Allerdings bleibt mir der Sinn auch irgendwie verborgen:
Du willst ein Programm haben, welches "innendrin" ein anderes hat und dieses ausführen kann? Das geht - nur wahtscheinlich nicht so wie Du es Dir vorstellst:
Version 1: Code ... "fertiger Programm-Abschnitt" ... Code.
Das Problem mit dem "integrieren" in den Quelltext ist erstens : k.A wie ein C++ Compiler das genau handhabt

, Du musst aber aufjedenfall die Binary integrieren (wenn ich Dich richtig verstanden habe) - es geht zumindest unter MASM und imho kann man es auch bei C++ hinbiegen (eventuell mit Tricks). Wahrscheinlich willst Du diese Binary noch vorher verschlüsseln. Das Problem ist jetzt die absolute Adressierung innerhalb der Binary - der Compiler hat die ganzen Variablenzugriffe schon als "fertige" absolute Zeiger aufgelöst, genauso mit den Sprüngen (Sprung != goto, sondern == if, while, case, und vieles mehr - Sprünge an sich sind zwar meistens relativ, aber Sprungtabellen stimmen dann natürlich auch nicht mehr) - da Du den Code integrierst, ist diese ganue Adressierung innerhalb der Binary komplett falsch, weil sich die Adressen "verschieben" (zumindest unter Windows - hat was damit zu tun, wie Windows Executables ausführt) -also viele Sprünge oder Variablenzugriffe gehen in die Nirvana). Es ist möglich, solche Codeabschnitte lauffähig zu programmieren - mit Hilfe der relativen Adressierung. Allerdings kenne ich das nur unter Asm
Außerdem: wenn es wieder entschlüsselt werden soll, befindet es sich immer noch im Speicher wo es jeder mit einem Debugger auslesen kann. Grundsätzlich muss ja jeder Code vor der Ausführung entschlüsselt werden und kann zu diesem Zeitpunkt eingesehen werden (als Assembly).
Version2: Code ... das komplette,fertige Programm.... Code
jetzt entpackt man das fertige Programm "aus sich selbst" und startet es als ein "Eigenständiges". Man hat nicht soviel Aufwand, ist aber auch genauso "unsicher".