Manuell. Aber das entscheidende ist, die Seite nicht nach dem CSS aufzubauen, sondern das CSS nach der Seite. Wenn du also eine vernünftige Trennung zwischen Inhalt und Style haben willst, dann erstelle deine Webseite so, dass zusammengehörige Bereiche in entsprechende DIV-Container gepackt werden.
Z.B. könntest du eine Seite in verschiedene Inhaltsbereiche aufteilen... einen Kopf, die Navigation links und den eigentlichen Content rechts. Alle 3 Bereiche sind jeweils DIVs auf der gleichen Ebene, mit einer ID eindeutig gekennzeichnet. Die Bereiche lannst du dann getrennt befüllen, den Kopf mit 'ner Grafik oder so, die Navigation mit einer Liste der Navigationselemente und den Inhalt wiederum mit einzelnen Abschnitten.
Dann kannst du mittels CSS innerhalb deiner angelegten Bereiche die entsprechenden, darin vorkommenden Seitenelemente ansprechen, beispielsweise also Listen in der linken Spalte so formatieren, wie eben die Navigation aussehen soll, in der rechten Spalte aber so, wie eben eine Liste im Inhalt aussehen soll. Und wenn du dein Markup möglichst universell machst, kannst du mit verschiedensten Stylesheets aus dem gleichen HTML-Code völlig verschieden aussehende Seiten basteln.