Habe schon von mehreren Leuten von diesem Problem gehört.
Woran das genau liegt wusste aber leider niemand.
Eine Lösung dafür habe ich nicht, aber wenn du deine bookmarks nicht ganz verlieren willst empfehle ich dir folgendes (weiß gerade nicht ob du dafür root sein musst):
in der Leiste oben klickst du auf Tools -> Options.
Dann gehts du auf Extensions und klickst auf den Link "Get new Extensions" unten.
Eine neue Seite öffnet sich. Dort gehst du bei den Links auf der rechten Seite auf "Backup Bookmark".
(Die ganze Klickerei kannst du dir sparen, wenn du den folgenden Link nutzt:
http://texturizer.net/firebird/extensions/#bookmarkbackup )
Dort steht eine kleine Beschreibung des Plugins.
Nun nurnoch auf "Install" geklickt und die Anweisungen befolgt, dann Firebird neu starten.
Nun werden jedesmal wenn du Firebird schliesst, deine Bookmarks in ein html file gespeichert.
So hast du immer Backups deiner Bookmarks und sie werden niemals verloren gehen.
Hoffe ich konnte dir ein wenig helfen.