/opt sollte die Programme enthalten, die nicht über den Paketmanager installiert und nicht aus dem Source erstellt werden, da diese sich meist nicht an Unix-Ordnerstrukturen halten und daher jeweils in gesonderten Verzeichnissen landen sollten.
/usr/share enthält im Normalfall "Shared Components" der Programme (Icons, Ressource-Dateien u.ä.). Wie die daher im Ubuntu-Wiki auf die dumme Idee kommen dahin zu installieren, ist mir ein Rätsel.
Programme, die über den Paketmanager installiert werden, landen in /usr. System-essentielle Programme landen direkt unter / (wie z.B. die Shell, Init-System, Hilfsprogramme des Kernels u.ä.).
Installiert man Programme aus dem Quelltext, sollte man das in /usr/local tun, wo sich eine zu /usr gleichartige Ordnerstruktur befindet. Damit kann man Programme, die per Source und die per Paketmanager installiert wurden gut auseinanderhalten.
Installiere also Eclipse in /opt und verlinke lediglich die Binary (bzw. das Startskript) mit einem symbolischen Link nach /usr/local/bin, damit es auch über die Konsole aufrufbar ist.