Ich denke da gibts verschiedene Möglichkeiten:
1. benutze NTFS und setze die entsprechenden Rechte
2. Unter Windows kann man sich die Dateinamen laufender EXE-Dateien holen.
leg von der Exe-Datei die du sperren möchtest einen Hashcode an und vergleiche den aktuellen Hash mit dem gespeicherten. Wenn sie übereinstimmen, terminiere den Prozess.
3. Du könntest die Exe-Datei verschlüsseln
4. ...
usw.