Was hat denn bitte die Rewrite Engine oder PHP include mit der ganzen Sache zu tun?
Wenn du willst, dass sich die URL im Browser nicht ändert, wenn du einem Link folgst, musst du
Frames benutzen (ob man jetzt ein Frameset oder ein eingebettetes iFrame benutzt ist eigentlich unerheblich).
Der Browser zeigt nämlich immer nur die URL des äußersten Frames an.
Du kannst also unter
http://www.meineDomain.de eine Seite anlegen, die nur aus einem großen Frame besteht, in dessen Inhalt deine eigentliche Site geladen wird.
Bei einem Klick auf einen Link in dem Frame wird nur der Inhalt des Frames geändert, die Frameseite bleibt aber bestehen und deswegen zeigt die der Browser auch weiterhin an.
Der Nachteil dabei ist, dass man deine Unterseiten nicht bookmarken kann und es auch keine Links auf deine Unterseiten geben kann (nur außerhalb des Framesets).
Außerdem musst du für alle externen Links target="_top" angeben, damit die externen Seiten nicht auch in deinem Frameset angezeigt werden.
mfg, metax.