auf dem Server den Webserver nur an 127.0.0.1 binden (edit: oder zumindestens für 'ne bestimmte Domain sperren, wenn's mehrere auf dem Server gibt - siehe metax' nachfolgenden Post) und nur SSH nach außen hin offen lassen.
SSH-Tunnel aufbauen:
http://www.ch-becker.de/?SSH-Tunnel
http://www.ch-becker.de/?SSH-Tunnel Linux
edit: ach ja, weiß jetzt nicht, was du für 'nen Server hast, aber hier mal noch ein Debian Secure HowTo zum Thema SSH
http://www.debian.org/doc/manuals/securing-debian-howto/ch-sec-services.de.html#s5.1
Das meiste davon lässt sich ja sicher 1:1 auch auf andere Distris übertragen...
edit2: zwecks Aussperren: weiß jetzt nicht, ob es bei dir um einen privaten Server zu Hause geht, den du von außen erreichen willst, oder einen Root-Server - für zweiteres: viele Anbieter bieten die Möglichkeit, dass du über ein Administrations-Backend, wo du auch Server neu aufsetzen, bestellen, etc. kannst, den Server in einen Rescue-Modus fahren kannst, wo du wieder per SSH drauf kommst (so wie ich das von meinem Anbieter kenne, wird da ein Root-Passwort generiert und per Mail geschickt) und deine Fehler berichtigen kannst... informiere dich am besten einfach mal bei deinem Root-Anbieter, was da möglich ist.
edit3: und wenn du nicht willst, das andere, die auch Zugriff auf den Server bekommen sollen, 'nen Shell-Zugriff bekommen, dann mach einfach folgendes:
erstelle einen neuen User-Account (auf meinem Bastel-Server heißt er z.B. "tunneltux") und dem gibst du ein Passwort, was du ebenfalls den Leuten, die Zugriff bekommen sollen, nennen kannst (meinetwegen wieder "tunneltux")
und in der /etc/passwd setzt du hinten den letzten Parameter des Users - die Shell - auf /bin/false.
Sollte nun jemand versuchen, sich normal per SSH zu verbinden oder bei dem Aufbau des Tunnels die Konsole zulassen, dann wird die Verbindung sofort wieder beendet.
Um diesen User dann nutzen zu können, muss man noch einen zusätzlichen Parameter (unter Linux
-N - bei der plink.exe von Putty musst du in der Hilfe mal nachschauen, ob's da auch -N ist...) verwenden. Nur, wenn die Remote Console deaktiviert ist, wird der Tunnel aufgebaut - fertsch.